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農業の確定申告でつまずく人は、たいてい同じ場所で止まる。 「うちは普通の商売と何が違うのか」が分からないまま、一般向けの解説記事を読んでしまうからだ。

結論から言うと、違う。農業には「農業所得用」という専用の決算書があり、そこには一般の事業には存在しない欄が並んでいる。家事消費、農産物の棚卸高、販売用動物、果樹牛馬等の育成費用——このあたりを知らずに一般用の様式で組むと、後から全部やり直しになる。

私は飼料・畜産資材の代理店営業として、全国の農家を何百戸も回ってきた。確定申告の時期に事務所へ顔を出すと、机の上が領収書の山になっている光景を何度も見てきた。そのたびに思ったのは、手が止まる原因は税の知識ではなく「順番を知らないこと」だということだ。

本記事では、農業の確定申告を5ステップの手順に分解し、そのうえで農家だけがつまずく落とし穴を整理する。

この記事でわかること：

• 農業の確定申告が一般の事業と決定的に違う点（専用様式と専用の欄）
• 65万円・55万円・10万円の分かれ道と、その要件
• 2027年分から控除額が75万円・65万円に変わる改正と、前々年の売上1,000万円超の農家への影響
• 青色申告承認申請書の期限と、8月の今から間に合わせる考え方
• 申告までの5ステップ
• 農家だけがつまずく落とし穴5つ（家事消費・棚卸・販売用動物・雑収入・肉用牛の免税特例）

注：本記事は2026年8月1日時点で国税庁の公表資料をもとに整理したものである。税制・様式・適用期限は改正される。実際に申告する際は、必ず国税庁のページと所轄の税務署で最新の内容を確認してほしい。個別の判断は税理士・税務署へ。

農業の確定申告は「農業所得用」の様式で出す

農業を営む個人の所得は、原則として事業所得（農業）になる。ここまでは一般の商売と同じだ。違うのは提出する書類である。

• 青色申告の人 → 青色申告決算書（農業所得用）
• 白色申告の人 → 収支内訳書（農業所得用）

どちらも国税庁が「農業所得用」として一般用とは別に用意している様式だ。一般用の決算書には、次のような欄はない。

農業所得用にしかない主な欄	何を書くか
農産物の期首棚卸高／期末棚卸高	1月1日・12月31日時点で未販売の農産物
家事消費・事業消費金額	自家用に食べた分、雇人への現物支給分
販売用動物	販売目的で飼う牛・馬・豚・鶏など
経費から差し引く果樹牛馬等の育成費用	育成中のものにかかった費用
肉用牛について特例の適用を受ける金額	免税特例を使う場合の記載欄

つまり「農業は様式レベルで別扱いされている」ということだ。一般向けの確定申告記事だけを読んで進めると、この欄の存在に最後まで気づかない。

【最重要】青色申告は「申請書の期限」で勝負が決まっている

控除額の話より先に、これを書く。順番を間違えると全部無駄になるからだ。

青色申告をするには、事前に「所得税の青色申告承認申請書」を税務署へ出しておく必要がある。国税庁が示す期限は次のとおりだ。

原則として、青色申告の承認を受けようとする年の3月15日まで。 その年の1月16日以後に新たに業務を開始した場合は、業務を開始した日から2か月以内。

ここが農業で特に効いてくる。「今年の分から青色にしよう」と12月に思い立っても、もう間に合わないのである。

本記事を2026年8月に読んでいる人の立ち位置を整理すると、こうなる。

あなたの状況	2026年分（2027年2〜3月申告）の扱い
すでに青色申告の承認を受けている	✅ 65万円控除を狙える。あとは帳簿次第
承認申請を出していない既存農家	❌ 2026年分は白色。2027年3月15日までに申請すれば2027年分から青色
2026年6月以降に新規就農・開業した	⭕ 開業日から2か月以内なら2026年分から青色に間に合う（下記の注意）

ここで注意してほしいのは、本記事を読んでいる日によってはすでに2か月を過ぎているということだ。6月1日開業なら期限は8月1日、7月中旬開業なら9月中旬。まず開業日に2か月を足して、カレンダーで数えてほしい。

新規就農した人は、この2か月をあっさり逃す。就農の手続きと機械の手配に追われて、税務署のことなど頭にないからだ。開業届と青色申告承認申請書はセットで出す——これだけは覚えて帰ってほしい。

新規就農の全体の流れは「新規就農のロードマップ」に整理してある。

65万円・55万円・10万円の分かれ道（2026年分まで）

青色申告特別控除は3段階ある。国税庁の要件を整理すると次のとおりだ。

控除額	必要な条件
65万円	55万円の要件すべて＋e-Taxで期限内に提出、または優良な電子帳簿の要件を満たして保存し届出書を提出
55万円	複式簿記（正規の簿記の原則）で記帳＋貸借対照表・損益計算書・所得の金額の計算に関する明細書を添付し、控除を受ける金額を申告書に記載して期限内申告
10万円	上記に当てはまらない青色申告者

注目すべきは65万円と55万円の差が「提出方法」だけだという点だ。帳簿の手間はまったく同じで、紙で出すか e-Tax で出すかの違いで10万円が変わる。所得税と住民税を合わせて考えれば、この10万円は実際の手取りに効いてくる。

紙で出し続ける積極的な理由は、もうほとんど無い。

なお55万円・65万円を取るには期限内申告が絶対条件だ。1日でも遅れると10万円まで落ちる。確定申告の期間は原則として翌年2月16日から3月15日まで（期限が土日の場合は翌開庁日）。2026年分なら2027年の2〜3月である。

【2027年分から】控除額が75万円・65万円に変わる

ここが本記事でいちばん新しい情報である。

令和8年度税制改正により、青色申告特別控除そのものが見直された。適用は令和9年分（2027年分）以後の所得税から、つまり2028年の申告からだ。

区分	2026年分まで	2027年分から
複式簿記＋貸借対照表等＋e-Tax	65万円	65万円
上記＋優良な電子帳簿の保存等	65万円	75万円
複式簿記だが紙で提出	55万円	10万円まで落ちる（55万円の区分が廃止）
簡易簿記など	10万円	10万円（ただし除外あり）

財務省の大綱には、55万円控除にe-Tax要件を加えたうえで控除額を65万円に引き上げる、65万円控除は仕訳帳・総勘定元帳の電磁的記録の保存等を要件に加えたうえで控除額を75万円に引き上げると示されている。

そして農家が本当に気をつけるべきなのは、引き上げよりも10万円控除の「除外規定」のほうだ。

10万円の青色申告特別控除の対象者から、その年において不動産所得又は事業所得を生ずべき事業を営む者で、これらの所得に係る取引を簡易な簿記の方法により記録しているもののうち（中略）その者が事業所得を生ずべき事業を営む者である場合　その年の前々年分の事業所得に係る収入金額が1,000万円を超えるもの（を除外する）

つまり前々年の売上が1,000万円を超える農家が簡易簿記のままでいると、2027年分からは控除がゼロになりうるということである。肥育・酪農・施設園芸なら売上1,000万円は決して珍しい規模ではない。

結論はシンプルだ。これからは「複式簿記＋e-Tax」が標準装備になる。 紙と簡易簿記で粘る道は、制度のほうから閉じられていく。

なお本改正は2027年分以後の話であり、いま記帳している2026年分は前章の旧ルールで判定される。ただし2027年分の帳簿は2027年1月から始まる。 準備期間は実質いましかない。

青色申告のその他の特典（専従者給与、純損失の3年繰越しなど）や、青色申告会に入るべきかの判断は「青色申告会って入る必要ある？」で比較している。

農業の確定申告5ステップ

やることを順番に並べる。1ステップ＝1作業だ。

STEP1｜青色申告承認申請書を出す（青色にしたい年の3月15日まで／開業から2か月以内）

前章のとおり。ここが土台で、ここだけは後から取り返せない。すでに出してある人はSTEP2へ。

なお相続で農業を引き継いだ場合は期限が別に定められている。被相続人が白色で、その年の1月16日以後に承継したなら承継した日から2か月以内、被相続人が青色なら死亡日が1月1日〜8月31日なら死亡の日から4か月以内、というように死亡日で変わる。親から農地と牛を引き継いだ年は、ここを税務署で確認してほしい。

STEP2｜1年を通して帳簿をつける（今この瞬間の作業）

65万円・55万円控除には複式簿記が必要になる。仕訳帳と総勘定元帳を作り、期末に貸借対照表と損益計算書を組み立てる、というのが本来の姿だ。

農業でここが重くなるのは、勘定科目が多いからである。種苗費、素畜費、肥料費、飼料費、農具費、農薬衛生費、諸材料費、動力光熱費、作業用衣料費、農業共済掛金、荷造運賃手数料、土地改良費——一般の商売にはない科目がずらりと並ぶ。

手書きの現金出納帳から複式簿記の決算書を組むのは、正直に言って現実的ではない。ここは道具に任せるところだ。

STEP3｜年末に棚卸しと決算整理をする（12月31日）

農業所得の決算整理は、一般の商売より項目が多い。

• 農産物の期末棚卸高（12月31日時点で未販売のもの）
• 未収穫農産物、販売用動物、種苗・飼肥料・農薬・諸材料などの棚卸高
• 減価償却費の計算
• 育成中の果樹・牛馬等の育成費用の振り分け

ここは次章の「落とし穴」で詳しく書く。

STEP4｜青色申告決算書（農業所得用）を作る（1〜2月）

収入金額の内訳、経費の内訳、雇人費、専従者給与、減価償却、貸借対照表を埋めていく。

ここで農家が必ずぶつかる壁がある。 市販のクラウド会計ソフトの多くは、決算書の様式として一般用と不動産所得用にしか対応していない。マネーフォワード クラウド確定申告も、公式サポートで「青色申告決算書（農業所得用）」「収支内訳書（農業所得用）」の作成には対応していないと明記している。

では何で作るか。いちばん確実で、しかも無料なのが国税庁の「確定申告書等作成コーナー」だ。ここは農業所得用に対応しており、農業所得用の手引き自体が「スマホで青色申告決算書が作れます」と案内している。

このほか、デスクトップ版の会計ソフトや農業専用ソフトには農業所得用の様式に対応した製品もある。JAの記帳指導や青色申告会に任せる道もある。自分がどこまで自力でやるかで選べばいい。

現実的な分担はこうなる。

作業	使うもの
日々の記帳・仕訳・経営数値の把握	会計ソフト
農業所得用の決算書・申告書の作成と送信	国税庁の確定申告書等作成コーナー

「ソフトを入れれば全部終わる」と思って年明けに気づくのが、いちばん痛い。 先に知っておけば、ソフトは帳簿と数字管理の道具と割り切って使える。

STEP5｜e-Taxで期限内に提出する（2月16日〜3月15日）

マイナンバーカードとスマホがあれば、自宅から送信できる。ここでe-Taxを選ぶことが、そのまま65万円控除の要件を満たす。

農家・畜産農家の帳簿づけは項目が多くて重い。牛の売買、飼料費、家畜共済掛金、設備の減価償却──これを手書きの現金出納帳から複式簿記に組み直すのは時間の浪費でしかない。 マネーフォワード クラウド確定申告は、銀行・カードを連携するだけで取引が自動で取り込まれ、複式簿記の帳簿がそのまま出来上がっていく。前述のとおり農業所得用の決算書様式そのものには対応していないが、65万円控除の土台になる「複式簿記の記帳」を自動化できるのが本来の使いどころだ。 1ヶ月の無料お試しができ、クレジットカード登録も不要だ。まずは自分の帳簿で使い勝手を確かめられる。

農家だけがつまずく落とし穴5つ

ここからが本題である。国税庁の「青色申告決算書（農業所得用）の書き方」に沿って、現場で実際に迷いやすいところを挙げる。

① 自家用に食べた分も「収入」になる

農産物を自分の家で食べた分、雇人に現物で支給した分は、家事消費・事業消費金額として収入に計上する。金額は収穫した時の生産者販売価額で計算する。

「売っていないのに収入になるのか」と驚く人がいるが、これは制度上そういう扱いだ。逆に言えば、経費側では自給分の種苗・飼料なども収穫時の価額で記入することになる。

② 代金をもらっていなくても、その年の売上

販売した年の扱いについて、国税庁の書き方はこう明記している。

販売後、まだ実際に代金を受け取っていない場合でも本年中に販売したものについては、全て本年分の販売金額になります。

年末に出荷して入金が翌年1月、というケースは畜産でも青果でも珍しくない。入金日ではなく販売日で切る。ここを勘違いすると、売上が丸ごと1年ずれる。

③ 棚卸しは「省略できるもの」がある

12月31日時点の未販売分は棚卸しをするのが原則だが、書き方には例外も示されている。

• 米麦等の穀物類以外の農産物で、数量が僅かなものは棚卸しを省略しても差し支えない
• 毎年同程度の規模で作付けする未収穫農産物は棚卸しを省略しても差し支えない

全部を几帳面に数えようとして年末が潰れる人がいるが、そこまで求められていない場合がある。

④ 販売用の家畜は「取得価額＋育成費用」

販売目的で飼育する牛・馬・豚・鶏などは、取得価額に年末までの育成費用を加算して棚卸しに計上する。

繁殖農家・肥育農家にとってはここが金額的に一番大きい。さらに決算書には「経費から差し引く果樹牛馬等の育成費用」という専用の欄があり、各経費科目はこの育成費用を差し引かないところで記入したうえで、専用欄でまとめて差し引く、という組み立てになっている。経費に入れっぱなしにしない——ここは会計ソフトでも人間が判断する部分だ。

⑤ 共済金・助成金は「雑収入」に入る

受取共済金、出荷奨励金、野菜・鶏卵などの価格差補填金、農作業受託料、事業分量分配金は雑収入である。さらに書き方にはこうある。

そのほか国や地方公共団体などから支給された助成金等で農業所得として課税の対象となるものがある場合にも、当該助成金等の金額を含めて、この欄に記入します。

補助金を受け取った年は、ここを忘れると申告漏れになる。補助金の申請段階から「これは後で課税されうる金だ」と分かっていれば資金繰りの見方も変わる。申請の流れは「農業・畜産の補助金申請の流れ5ステップ」にまとめてある。

肉用牛を売る人が知らないと損をする免税特例

畜産をやっている人にはもう一つ大きな制度がある。肉用牛の売却による農業所得の課税の特例（租税特別措置法第25条）だ。

制度の骨格はこうなっている。

• 農業を営む個人が、飼育した肉用牛を所定の方法（家畜市場や指定・認定を受けた食肉卸売市場での売却など）で売却したとき
• その牛が免税対象飼育牛（売却価額が1頭あたり100万円未満。交雑種は80万円未満、乳用種は50万円未満、または一定の登録規程による高等登録牛）で
• 売却頭数が年間1,500頭以内であれば
• その売却により生じた事業所得について、所得税・住民税を免除する課税方法を選択できる（通常の総合課税を選ぶこともできるが、その場合は免税にならない）

繁殖農家が誤解しやすい「対象外」の牛

ここは金額が大きいぶん、勘違いが高くつく。対象にならない代表例を挙げる。

• 子取り用雌牛で固定資産に該当するもの——繁殖用に供している母牛は減価償却資産であり、その売却は譲渡所得になる。この特例は使えない
• 種雄牛、乳牛の雌のうち子牛の生産に供されたもの
• 価額が基準以上の牛（肉用種100万円以上・交雑種80万円以上・乳用種50万円以上。ただし高等登録牛等を除く）
• 飼養期間が2か月未満の牛（極端に短い飼育＝単なる転売は対象外）

つまり繁殖農家がこの特例を使う場面は、市場に出す子牛の売却のほうである。「経産牛を廃用で売ったから免税だ」は成り立たない。 ここを取り違えたまま申告すると、後から否認されて痛い目を見る。

売っただけでは免税にならない

もう一つ、絶対に外してはいけないのが手続きだ。国税庁の決算書の書き方には、こう指示されている。

この場合、確定申告書にこの特例の適用を受ける旨を記入し、証明書及び所得計算の明細書を添付してください。

つまり申告書に書いて、証明書を添付して、初めて免税になる。市場で売った書類を放り込んでおくだけでは何も起きない。決算書に専用の欄がわざわざ用意されているのは、そういうことである。

なお本特例は令和8年度税制改正で3年延長され、所得税については令和11年分（2029年分）まで、住民税については令和12年度分まで適用されることになった。ただし延長を重ねてきた制度であり要件も細かい。金額の大きい話なので、実際に使う年には必ず最新の要件を確認し、税理士か税務署に相談してほしい。

牛1頭あたりの損益をどう見るかは「牛1頭の価値と損益分岐点」でも扱っている。

帳簿を「税務署のための作業」で終わらせない

最後に、営業として何百戸も回ってきた立場から一つだけ書いておきたい。

経営が伸びている農家は、例外なく数字を持っている。飼料の値上げを持っていったとき、「うちは今この価格で、飼料費が売上の何%だから、ここまでなら飲める」と即答できる人がいる。逆に「高いな、考えとくわ」で終わる人もいる。この差は、頭の良し悪しではなく帳簿がリアルタイムで見えているかどうかだけだった。

確定申告のための記帳は、副産物として自分の経営の数字を手に入れる作業でもある。年に一度、領収書の山と格闘して終わりにするのはもったいない。

65万円控除は、その習慣に対するご褒美くらいに思っておくのがちょうどいい。

複式簿記の帳簿づけを楽にするなら、マネーフォワード クラウド確定申告が1ヶ月無料で試せる（クレジットカード登録不要）。決算書の様式は国税庁の作成コーナーで作るとして、その手前の記帳を自動化しておけば、2月に慌てる側ではなく、数字を見ながら経営判断をする側に回れる。

まとめ：今日やることは1つだけ

状況	今日やること
青色の承認済み・帳簿が手書き	会計ソフトを試して複式簿記に移行する（2027年分からは実質必須）
青色の承認済み・紙で提出していた	次はe-Taxにする（2026年分は+10万円、2027年分からは65万円と10万円で差が55万円に広がる）
承認申請を出していない	カレンダーに「3月15日：青色申告承認申請書」と入れる
今年就農した	開業日＋2か月をカレンダーで数える。開業届と青色申告承認申請書を今すぐ出す

農業の確定申告は、難しいのではなく項目が多いだけだ。順番と落とし穴さえ分かっていれば、あとは道具が片付けてくれる。

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• 農業・畜産の補助金申請の流れ5ステップ
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出典・参考（2026年8月1日確認）

• 国税庁 No.2070 青色申告制度
• 国税庁 No.2072 青色申告特別控除
• 国税庁 令和7年分 青色申告決算書（農業所得用）の書き方（PDF）
• 国税庁 令和7年分 収支内訳書（農業所得用）の書き方（PDF）
• 国税庁 確定申告書等の様式・手引き等（令和7年分）
• 国税庁 措置法第25条（肉用牛の売却による農業所得の課税の特例）関係
• 財務省 令和8年度税制改正の大綱
• 国税庁 肉用牛の売却に係る課税の特例について（情報）※農林水産省通知を掲載
• 農林水産省 令和8年度税制改正要望（肉用牛の売却による農業所得の課税の特例の適用期限の延長）
• マネーフォワード クラウド確定申告サポート 農業所得の申告には対応していますか？

※税制・様式・適用期限は改正される。本記事は2026年8月1日時点で公表されている国税庁資料にもとづく整理であり、個別の税務判断を保証するものではない。申告にあたっては必ず最新の公式情報を確認し、判断に迷う場合は所轄の税務署または税理士に相談してほしい。